Regjeringen foreslår at tilskuddet til Museene i Sør-Trøndelag, hvor Kystmuseet i Trøndelag er underlagt, økes fra neste år. I forslaget til statsbudsjett er tilskuddet økt med 5 millioner kroner til nær 102,9 millioner kroner, og der begrunnelsen er å bidra til museets arbeid med bygningsvern og kystkultur.

Kystmuseet i Sør-Trøndelag er i dag en museumsenhet under Museene i Sør-Trøndelag AS (MiST) sammen med Ringve/Rockheim, Orkla Industrimuseum, Trondheim Kunstmuseum, Museet Kystens Arv og Sverresborg Trøndelag Folkemuseum. Det er Sør-Trøndelag fylkeskommune, vertskommunene og museumsenhetene som er aksjonærer i MiST.